ターゲットを絞ったエラー修正CarcSeqを用いたヒト乳房および肺DNAにおける癌ドライバーミューテーションの定量化

発癌性試験の改善に向けた科学的根拠のある実用的アプローチが求められています。DNAシーケンシング技術の進展と癌発生の根底にある出来事の知識は、この分野での進展の機会を生み出しました。この研究の長期的な目標は、癌ドライバーミューテーション（CDM）を持つ細胞のクローン拡張の指標として、CDMレベルの変動を開発することです。これらの重要な初期の出来事は発癌性試験に有益な情報を提供する可能性があります。この目標に向けた第一歩は、ホットスポット癌ドライバーミューテーション（hCDM）のパネルを分析するためのエラー修正型次世代シーケンシング法を開発し、検証することでした。開発された「CarcSeq」法は、エラー修正のために単鎖コンセンサスシーケンスを構築するためにユニークな分子識別子配列を使用します。CarcSeqは、正常な乳房、正常な肺、導管癌、および肺腺癌における20以上のホットスポットCDMを含む13のアンプリコンの変異解析に使用されました。このアプローチは、組織タイプ（正常対腫瘍および乳房対肺）および変異スペクトルに関連する予想された違いを検出することで検証されました。CarcSeqによる変異体比（MF）は、同じサンプルから得られた以前のACB-PCR変異体比（MF）測定と強く相関しました。再構築実験は、他の分析とともに、CarcSeqがMF≥10-4を正確に定量化することを示しました。CarcSeq MF測定は、組織提供者の年齢および乳がんリスクと相関しました。CarcSeq MF測定は、クローン拡張を評価するために分析された中央値MFからの偏差とも相関しました。したがって、CarcSeqは癌リスク評価および発癌性試験の実践を進めるための有望なアプローチです。発癌性試験のためのこの戦略を進展させるために調査すべきパラダイムが提案されています。