MACSE v2: Herramienta para la Alineación de Secuencias Codificantes Considerando Desplazamientos de Marco y Códigos de Parada

La alineación de múltiples secuencias es un requisito previo para muchos análisis evolutivos. El Alineamiento Múltiple de Secuencias Codificantes (MACSE) es un programa de alineación de múltiples secuencias que tiene en cuenta explícitamente la estructura de codones subyacente de las secuencias nucleotídicas que codifican proteínas. Su característica única permite construir alineaciones de codones fiables incluso en presencia de desplazamientos de marco. Esto facilita análisis posteriores, como la estimación de la presión de selección basada en la relación de substituciones no sinónimas a sinónimas. Aquí, presentamos MACSE v2, una actualización importante con una versión mejorada del algoritmo inicial enriquecida con un conjunto de herramientas completo para manejar alineaciones múltiples de secuencias codificantes de proteínas. Una interfaz gráfica ahora proporciona acceso fácil para el usuario a los diferentes subprogramas.