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미생물 군집은 비할 데 없는 분류학적 다양성을 호스트합니다. 16S rRNA 유전자 시퀀싱의 출현에도 불구하고 환경 및 숙주 관련 샘플의 적절한 특성화는 미생물학자에게 여전히 도전 과제로 남아 있습니다. 다양한 박테리아 군집에 대한 샘플링 깊이를 증가시키기 위해, 우리는 일루미나 유전체 분석기를 사용하여 16S rRNA 유전자(일반적으로 V3 영역; ∼200 뉴클레오타이드)의 수백만 개의 페어드 엔드 리드를 시퀀싱하고 조합하는 방법을 개발했습니다. 재현성을 확인하고 데이터 분석을 위한 적합한 컴퓨팅 파이프라인을 식별하기 위해, 시퀀스 라이브러리는 알려진 배양된 박테리아 분리주로부터 온 DNA의 정의된 혼합물(>100만 개 포스트 어셈블리 시퀀스)과 아크틱 툰드라 토양 샘플(>600만 개 포스트 어셈블리 시퀀스)에 대해 복제 준비되었습니다. 일루미나 16S rRNA 유전자 라이브러리는 기존의 모든 차세대 시퀀싱 방법(예: 454 파이로시퀀싱)에 비해 시퀀스 수에서 상당한 증가를 나타내며, 페어드 엔드 125-베이스 리드의 조합은 각 16S rRNA 유전자 시퀀스에 대한 초기 품질 관리 단계를 포함함으로써 방법론적 장점을 제공합니다. 이 방법은 여러 미생물 군집을 단일 흐름 세포 레인에서 특성화할 수 있도록 인덱스 프라이머를 통합하며, 다른 가변 영역이나 유전자를 타겟팅하도록 쉽게 수정할 수 있으며, 상대적으로 낮은 풍부도로 존재하는 생물체에서 DNA에 대한 전례 없는 경제적 접근을 보여줍니다.
Bartram 외 (Sat,)은 이 질문을 연구했습니다.
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