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각 위치에서 나타나는 물리화학적 특성을 체계적으로 특성화하는 알고리즘이 설명된다. 새로운 알고리즘은 변이 실험 설계에서 중요한 질문에 신속하게 답할 수 있도록 하여, 비정상적이거나 흥미로운 잔여물 치환 패턴을 보이는 정렬 위치를 신속하게 식별할 수 있게 한다. 이 전략은 아미노산 속성의 유연한 집합 설명에 기반하며, 이를 사용하여 아미노산의 어떤 그룹 간의 보존을 정의한다. 정렬의 서열은 서열 유사성, 기능적, 진화적 또는 기타 기준에 따라 하위 그룹으로 모인다. 그런 다음 모든 하위 그룹 쌍을 비교하여 각 하위 그룹의 독특한 특징을 부여하는 위치를 강조한다. 이 알고리즘은 문자 요약 및 주석이 달린(상자, 음영 및/또는 색칠된) 다중 서열 정렬을 제공하는 컴퓨터 프로그램 AMAS(다중 정렬 서열 분석)로 인코딩되어 있다. 이 알고리즘은 단백질 코어를 구성하는 보존된 소수성 잔여물 패턴이 강조된 67개의 SH2 도메인 정렬에 적용되어 설명된다. Annexin 도메인 전하 보존 분석은 보존된 전하가 부호를 변경하는 위치를 식별한다. 이 알고리즘은 존재하는 정보의 양을 응축하여 다중 서열 데이터를 분석하는 것을 단순화하고, 따라서 구조적 및 기능적으로 중요한 치환을 신속하게 식별할 수 있게 한다.
Livingstone 외 (Fri,)는 이 질문을 연구했습니다.