El factor de ensamblaje de ribosomas Nep1 responsable del síndrome de Bowen–Conradi es una metiltransferasa específica de pseudouridina-N1

Nep1 (Emg1) es una proteína nucleolar altamente conservada con una función esencial en la biogénesis de ribosomas. Una mutación en el homólogo humano de Nep1 causa el síndrome de Bowen–Conradi, un trastorno del desarrollo severo. Estructuras de Nep1 revelaron un dímero con un pliegue similar a la clase SPOUT de metiltransferasas de ARN, sugiriendo que Nep1 actúa como una metiltransferasa en la biogénesis de ribosomas. El objetivo de esta actividad metiltransferasa putativa aún no ha sido identificado. Caracterizamos la especificidad de unión al ARN de Nep1 de Methanocaldococcus jannaschii mediante espectroscopía de fluorescencia y RMN, así como mediante cribado de tres híbridos en levaduras. Nep1 se une con alta afinidad a oligonucleótidos de ARN cortos correspondientes a nt 910–921 del ARNr 16S de M. jannaschii a través de un surco básico altamente conservado a lo largo de la interfaz del dímero. Nep1 solo metila ARN que contiene una pseudouridina en una posición correspondiente a una pseudouridina N1-metil-N3-(3-amino-3-carboxipropil) hipermodificada previamente identificada (m1acp3-Psi) en los ARNr 18S eucariotas. El análisis del nucleósido metilado mediante espectrometría de masas MALDI, HPLC y RMN muestra que el grupo metilo se transfiere al N1 de la pseudouridina. Así, Nep1 es el primer ejemplo identificado de una metiltransferasa específica de pseudouridina-N1. Esta actividad enzimática también se conserva en el Nep1 humano, sugiriendo que Nep1 es la metiltransferasa en la biosíntesis de m1acp3-Psi en los ARNr 18S eucariotas.