BREED:  توليد مثبطات جديدة من خلال دمج ربيطات معروفة. التطبيق على CDK2 وP38 وبروتين HIV

في هذا العمل نصف BREED، وهي طريقة لتوليد مثبطات جديدة من هياكل ربيطات معروفة مرتبطة بهدف مشترك. الطريقة هي في الأساس أتمتة لممارسة كيمياء الأدوية الشائعة في دمج أجزاء من ربيطتين معروفتين لتوليد مثبط جديد. يتم تراكب الهياكل المرتبطة بالربيطات، ويتم العثور على جميع الروابط المتداخلة في جميع أزواج الربيطات، ويتم تبديل الأجزاء الموجودة على كل جانب من كل رابط مطابق لتوليد جزيئات جديدة. نظراً لأن الطريقة مؤتمتة، يمكن تطبيقها تكرارياً لتوليد جميع التركيبات الممكنة من الربيطات المعروفة. في تطبيق هذه الطريقة على مثبطات بروتين HIV ومثبطات كيناز البروتين، تم توليد مئات من الهياكل الجزيئية الجديدة. وشملت هذه هياكل مثبطة معروفة غير متضمنة في المجموعة الأولية، وهياكل جديدة تماماً، واستبدالات جديدة على هياكل معروفة. الطريقة سريعة، ونظراً لأن جميع مجموعات الوظائف للربيطات معروفة بأنها ترتبط بالهدف في الوضع والدوران الدقيق الموجود في الربيط الجديد، يجب أن تكون نسبة نجاح هذه الطريقة أفضل من تقنيات التصميم التقليدية de novo. في عصر من البيولوجيا الهيكلية ذات الإنتاجية العالية ، ستصبح مثل هذه الطرق لاستخدام المعلومات الهيكلية ذات الإنتاجية العالية أكثر قيمة.