Previsão da Resistência Antimicrobiana de Staphylococcus aureus por Sequenciamento de Genoma Total

O sequenciamento de genoma total (WGS) poderia potencialmente fornecer uma única plataforma para extrair todas as informações necessárias para prever o fenótipo de um organismo. No entanto, sua capacidade de fornecer previsões precisas ainda não foi demonstrada em grandes estudos independentes de organismos específicos. Neste estudo, nosso objetivo foi desenvolver um método de previsão genotípica para suscetibilidades antimicrobianas. Os genomas completos de 501 isolados não relacionados de Staphylococcus aureus foram sequenciados, e os genomas montados foram interrogados usando BLASTn para um painel de determinantes de resistência conhecidos (mutações cromossômicas e genes carregados em plasmídeos). Os resultados foram comparados com testes de suscetibilidade fenotípica para 12 agentes antimicrobianos comumente usados (penicilina, meticilina, eritromicina, clindamicina, tetraciclina, ciprofloxacino, vancomicina, trimetoprima, gentamicina, ácido fusídico, rifampicina e mupirocina) realizados pelo laboratório clínico de rotina. Investigamos discrepâncias por meio de testes de suscetibilidade repetidos e inspeção manual das sequências e usamos essas informações para otimizar o painel de determinantes de resistência e o algoritmo BLASTn. Em seguida, testamos o desempenho da ferramenta otimizada em um conjunto de validação independente de 491 isolados não relacionados, com resultados fenotípicos obtidos em duplicata por diluição em caldo automatizada (BD Phoenix) e difusão em disco. No conjunto de validação, a sensibilidade e especificidade geral do método de previsão genômica foram de 0,97 (intervalo de confiança de 95% 95% CI, 0,95 a 0,98) e 0,99 (95% CI, 0,99 a 1), respectivamente, em comparação com métodos padrão de teste de suscetibilidade. A taxa de erro muito maior foi de 0,5% e a taxa de erro maior foi de 0,7%. O WGS foi tão sensível e específico quanto os métodos de teste de suscetibilidade antimicrobiana de rotina. O WGS é uma alternativa promissora aos métodos de cultura para previsão de resistência em S. aureus e, em última análise, em outros patógenos bacterianos importantes.