No todos los diagnósticos de secuenciación de nueva generación son iguales: Entendiendo las sutilezas del diseño de ensayos de tumores sólidos para la detección de mutaciones somáticas

La caracterización molecular de tumores mediante secuenciación de nueva generación (NGS) es una herramienta de diagnóstico emergente que rápidamente se está convirtiendo en una parte integral de la toma de decisiones clínicas. El perfil genómico del cáncer implica desafíos significativos, incluida la calidad y cantidad de ADN, la heterogeneidad tumoral y la necesidad de detectar una amplia variedad de mutaciones genéticas complejas. La mayoría de las pruebas diagnósticas comprehensivas disponibles dependen de métodos de amplificación basados en iniciadores o de captura basada en sondas acoplados con NGS para detectar sitios de mutación hotspot o regiones completas implicadas en la enfermedad. Estos paneles tumorales utilizan flujos de trabajo bioinformáticos altamente personalizados para realizar la difícil tarea de identificar con precisión alteraciones relevantes para el cáncer, como variaciones de nucleótidos individuales, pequeñas inserciones y deleciones o grandes alteraciones genómicas a partir de los datos de NGS. En esta revisión, discutiremos los desafíos del diseño/análisis de ensayos de tumores sólidos y reportaremos un estudio de caso que destaca la necesidad de incluir tecnologías complementarias (es decir, arreglos) y análisis germinales en las pruebas tumorales para identificar de manera confiable alteraciones en el número de copias y variantes accionables.