El ARN nuclear pequeño U6 es transcrito por la ARN polimerasa III.

Se aisló un fragmento de ADN homólogo al ARN nuclear pequeño U6 de una biblioteca genómica humana y se secuenció. La región 5'-flanqueante inmediata del clon de ADN U6 tenía una homología significativa con un potencial gen U6 de ratón, incluyendo una "caja TATA" en una posición de 26-29 nucleótidos aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción. Aunque este elemento de secuencia es característico de los promotores dirigidos por la ARN polimerasa II, el gen U6 también contenía una región de control intragénica "caja A" de la polimerasa III y una serie típica de cinco timinas en el extremo 3' (cadena no codificante). El clon de ADN U6 humano fue transcrito con precisión en un extracto S100 de células HeLa que carecía de actividad de polimerasa II. La transcripción de ARN U6 en el extracto S100 fue resistente a la alfa-amanitina a 1 microgramo/ml pero se inhibió completamente a 200 microgramos/ml. Una comparación de huellas dactilares del transcripto en vitro y del ARN U6 sintetizado en vivo reveló congruencia de secuencia. La síntesis de ARN U6 en núcleos celulares HeLa aislados también mostró baja sensibilidad a la alfa-amanitina, a diferencia de la transcripción de ARN U1 y U2, que se inhibió en más del 90% a 1 microgramo/ml. Además, el ARN U6 sintetizado en núcleos aislados fue inmunoprecipitado de manera eficiente por un anticuerpo contra el antígeno La, una proteína conocida por unirse a la mayoría de los otros transcritos de ARN polimerasa III. Estos resultados establecen que, a diferencia de la transcripción dirigida por la polimerasa II de los genes mamíferos para los ARN nucleares pequeños U1-U5, el ARN U6 humano es transcrito por la ARN polimerasa III.