Assemblage de millions de courtes séquences d'ADN utilisant SSAKE

NON ÉTIQUETÉ : De nouvelles technologies de séquençage de l'ADN avec le potentiel d'un débit de séquence jusqu'à trois ordres de grandeur supérieur à celui du séquençage Sanger conventionnel émergent. L'instrument désormais disponible auprès de Solexa Ltd produit des millions de courtes séquences d'ADN de 25 nt chacune. En raison des répétitions ubiquitaires dans de grands génomes et de l'incapacité des courtes séquences à les caractériser de manière unique et non ambiguë, la longueur de lecture courte limite son applicabilité pour le séquençage de novo. Cependant, compte tenu de la profondeur de séquençage et du débit de cet instrument, un assemblage strict de séquences hautement identiques peut être réalisé. Nous décrivons SSAKE, un outil permettant d'assembler de manière agressive des millions de courtes séquences nucléotidiques en recherchant progressivement dans un arbre préfixe le chevauchement le plus long possible entre deux séquences. SSAKE est conçu pour exploiter les informations issues des courtes lectures de séquence en les assemblant strictement en séquences contiguës pouvant être utilisées pour caractériser de nouvelles cibles de séquençage. DISPONIBILITÉ : http://www.bcgsc.ca/bioinfo/software/ssake.