Pliegues y familias de proteínas: alineaciones de secuencias y estructuras

Dali y HSSP son bases de datos derivadas que organizan el espacio proteico en las regiones estructuralmente conocidas. Utilizamos un programa automático de alineación de estructuras (Dali) para la clasificación de todas las estructuras 3D conocidas basado en una comparación de todas con todas las estructuras 3D en el Banco de Datos de Proteínas. La base de datos HSSP asocia secuencias 1D con estructuras 3D conocidas utilizando un método de programación dinámica ponderada por posición para la alineación de perfiles de secuencia (MaxHom). Como resultado, la base de datos HSSP no solo proporciona familias de secuencias alineadas, sino que también implica estructuras secundarias y terciarias que cubren el 36% de todas las secuencias en Swiss-Prot. La clasificación de estructuras por Dali y las familias de secuencias en HSSP se pueden explorar conjuntamente desde una interfaz web que proporciona una rica red de enlaces entre vecinos en el espacio de pliegues, entre dominios y proteínas, y entre estructuras y secuencias. En particular, esto resulta en una base de datos de alineaciones múltiples explícitas de familias de proteínas en la zona crepuscular de similitud de secuencias. La organización de estructuras y familias de proteínas proporciona un mapa de las regiones actualmente conocidas del universo proteico que es útil para el análisis de los principios de plegamiento, para la unificación evolutiva de familias de proteínas y para maximizar el retorno de información de la determinación experimental de estructuras. Las bases de datos están disponibles en http://www.embl-ebi.ac.uk/dali/