분자 해상도의 쥐 중추 신경계 공간 아틀라스

초록 세포 수준에서 분자 세포 유형을 3차원(3D) 뇌 볼륨에 걸쳐 공간적으로 차트화하는 것은 뇌 해부학과 기능의 분자적 기초를 설명하는 데 중요합니다. 단일 세포 RNA 시퀀싱(scRNA-seq)은 쥐 뇌에서 분자 세포 유형을 프로필했지만 1, 2 그들의 공간적 조직을 포착할 수 없습니다. 여기서 우리는 고품질의 백만 개 이상의 세포를 전체 성체 쥐 뇌와 척수에 걸쳐 매핑하기 위해 in situ 시퀀싱 기술인 STARmap PLUS 3, 4를 사용했습니다. 우리는 3D에서 194 X 194 X 345 nm의 복셀 크기로 1,022개의 유전자를 세포 소기관 수준에서 프로파일링했습니다. 우리는 단일 세포 해상도로 231개의 분자적으로 정의된 세포 유형과 64개의 조직 영역을 세분화, 클러스터화 및 주석을 달기 위한 계산 파이프라인을 개발했습니다. 전사체 전체 공간 아틀라스를 생성하기 위해 우리는 STARmap PLUS 측정을 발표된 scRNA-seq 아틀라스 1과 통합하여 단일 세포 수준에서 11,844개의 유전자를 내포했습니다. 마지막으로, 우리는 쥐 전 뇌에서의 전이 유전자 전달 도구인 AAV-PHP.eB 5, 6의 친화성을 구분하기 위해 고도로 발현되는 RNA 바코딩 시스템을 설계하여, 전체 쥐 뇌의 분자 세포 유형과 조직 영역에 걸쳐 단일 세포로 해결된 전파 효율성을 밝혔습니다. 이러한 데이터 세트와 주석은 공간적 분자 아틀라스, 세포 분류법, 뇌 해부학 및 포유류 중추신경계(CNS)의 유전자 조작 접근 가능성을 통합한 포괄적이고 고해상도 단일 세포 자원을 제공합니다.