ゲノムのダークマターの探求：非コーディングRNAに対するホモロジー検索手法のパフォーマンスの批判的評価

ホモロジー検索は、最も広く行われているバイオインフォマティクスタスクの一つですが、現在利用可能なツールが非コーディングRNA（ncRNA）を特定するためにどれほど効果的であるかは不明です。本研究では、信頼性のあるncRNAデータセットを使用して、BLAST、FASTA、HMMer、およびInfernalなどの手法の効果を評価します。驚くべきことに、最も人気のあるホモロジー検索手法はしばしば最も正確性に欠けています。その結果、多くの研究では不適切なツールが分析に使用されてきました。我々の結果に基づいて、現在利用可能なツールを用いたホモロジー検索戦略と、今後の開発の方向性を提案します。