Algoritmo de busca para análise de correspondência de padrões de sequências de ácidos nucleicos

Um novo tipo de algoritmo de busca para encontrar informações biológicas herdadas em sequências de ácidos nucleicos foi desenvolvido. O algoritmo é do tipo correspondência de padrões e baseia-se no fato de que as informações genéticas muitas vezes são uma função de uma ocorrência estatística previsível das quatro bases dentro de partes da sequência. O algoritmo de busca compara o padrão estatístico conhecido das bases em, por exemplo, um promotor, com uma sequência desconhecida e calcula a significância estatística da correspondência em todas as posições na sequência desconhecida. O programa foi testado em 54 promotores procarióticos publicados. 44 ou 49 puderam ser encontrados com 1 ou 4 respostas falsas, respectivamente. O programa também foi utilizado no plasmídeo pBR322. Todos os promotores que funcionam em um sistema de transcrição in vitro foram encontrados (tet, anti-tet, p4, bla e ori), exceto o chamado promotor p5. Uma busca por locais doadores e aceitadores foi realizada em uma sequência genômica HLA humana que contém seis íntrons. Cinco dos seis possíveis locais doadores e aceitadores foram encontrados.