エピジェネティック酵素の統合的がん全体解析が癌におけるエピゲノムの異常の普遍的なパターンを明らかにする

背景：癌ゲノミクスにおける最近の最も重要な発見の一つは、ゲノム全体のクロマチンおよびDNAメチル化マークを調節する遺伝子を標的とする新しいドライバーミューテーションの同定です。しかし、これらの遺伝子が癌の種類を超えたエピゲノム異常のパターンを示すかどうかはほとんど知られていません。結果：ここでは、10種類の異なる癌のマッチしたRNA-SeqおよびDNAメチル化データの統合的ながん全体解析を行います。癌のDNAメチル化パターンと関連する異常パターンを示す7つの腫瘍抑制因子および11の発癌性エピジェネティック酵素を特定し、これらは癌の種類とはほぼ独立しています。これにより、ゲノム全体のがんのハイパーメチル化およびハイポメチル化パターンが、異なるエピジェネティック酵素遺伝子のセットによって制御される独立したプロセスであるというエビデンスを提供します。因果ネットワークモデリングを用いて、癌のDNAハイパーメチル化およびハイポメチル化の候補ドライバーを予測します。最後に、これらの仮定のドライバーの発現と最も強く関連するDNAメチル化レベルのゲノム領域は、癌の種類を超えて高い一貫性を示すことを示します。結論：この研究は、癌の種類を超えたエピゲノム異常の普遍的なパターンが存在し、ゲノム全体のDNAハイポメチル化およびハイパーメチル化の腫瘍内レベルが異なるプロセスによって制御されていることを示しています。