Mapeo directo de las proteínas de la cápside del virus adenoasociado B y C: un posible codón de inicio ACG.

Las tres principales proteínas de la cápside de los viriones del virus adenoasociado tipo 2 (AAV2) están designadas como A, B y C, y tienen tamaños moleculares de 90, 72 y 60 kDa, respectivamente. Estas proteínas están relacionadas, y estudios genéticos han mostrado que están codificadas por un largo marco de lectura abierto ubicado en la mitad derecha del genoma. La capacidad de codificación distal al primer ATG en este marco de lectura es de solo 503 aminoácidos (es decir, una proteína del tamaño de la proteína C), pero una secuencia de marco abierto desprovista de codones ATG se extiende aguas arriba por 184 codones adicionales. Aunque el terminus amino de la proteína C de la cápside está bloqueado, análisis parciales de la secuencia de aminoácidos de péptidos de C han confirmado que está codificada dentro de la porción del marco de lectura distal al primer ATG en la ubicación del nucleótido (nt) 2810. El terminus amino de la proteína B de la cápside no está bloqueado, y su secuencia comienza con alanina. El triplete que codifica esta alanina se encuentra 64 codones aguas arriba del sitio de inicio para la proteína C y es precedido inmediatamente por el codón de treonina, ACG, en nt 2615. Este codón ACG se encuentra en el contexto de secuencia más favorable para la iniciación de la síntesis de proteínas. Las tres proteínas de la cápside de AAV2 se etiquetan in vitro con formil35Smethionyl-tRNAf, lo que indica que la síntesis de cada proteína se inicia de manera independiente. Nuestros datos sugieren que el codón ACG en nt 2615 dirige la iniciación dependiente de metionil-tRNA de la proteína B de la cápside de AAV2. Las proteínas B y C pueden sintetizarse a partir de la misma especie de ARNm y su abundancia relativa podría determinarse por las eficiencias de sus respectivos codones de inicio.