उच्च-रिज़ॉल्यूशन प्रोटीन डिज़ाइन बैकबोन फ्रीडम के साथ

कंप्यूटेशनल तकनीकों में हाल की प्रगति ने पूर्व निर्धारित, स्वाभाविक रूप से होने वाले बैकबोन संरचनाओं के साथ प्रोटीन में सटीक साइड-चेन पैकिंग के डिज़ाइन की अनुमति दी है। चूंकि ये विधियाँ प्रोटीन मुख्य-श्रृंखला की लचीलेपन को मॉडल नहीं करती हैं, इसलिए इनकी नवीन बैकबोन कॉन्फ़ॉर्मेशन का पता लगाने के लिए व्यापकता में कमी है। यहाँ द न्यू डिज़ाइन का वर्णन किया गया है, जिसमें दाएँ हाथ वाली सुपरहेलिकल मोड़ के साथ अल्फा-हेलिकल बंडल प्रोटीन के परिवार का निर्माण किया गया है। डिज़ाइन में, कुल प्रोटीन फोल्ड को हाइड्रोफobic-पोलर अवशेष पैटर्निंग द्वारा निर्दिष्ट किया गया था, जबकि बंडल ओलिगोमाईकरण राज्य, विस्तृत मुख्य-श्रृंखला कॉन्फ़ॉर्मेशन, और आंतरिक साइड-चेन रोटामर को वैकल्पिक बैकबोन संरचनाओं में पैकिंग की कंप्यूटेशनल गणनाओं द्वारा तैयार किया गया था। मुख्य-श्रृंखला की लचीलापन को बैकबोन के एल्जेब्रिक पैरामीटरीकरण के माध्यम से शामिल किया गया था। डिज़ाइन किए गए पेप्टाइड्स अल्फा-हेलिकल डाइमर्स, ट्राइमर्स, और टेट्रामर्स का निर्माण करते हैं जो डिज़ाइन के लक्ष्यों के अनुसार होते हैं। टेट्रामर की क्रिस्टल संरचना परमाणु विस्तार में डिज़ाइन की गई संरचना से मेल खाती है.