Un crénarchéote modérément thermophile oxydant l'ammoniac provenant d'une source chaude

La découverte récente des archées oxydantes d'ammoniac (AOA) a considérablement changé notre perception de la diversité et de l'histoire évolutive des microbes impliqués dans la nitrification. Dans cette étude, une culture d'enrichissement modérément thermophile (46 degrés C) oxydant l'ammoniac, ayant été inoculée avec de la biomasse provenant d'une source chaude, a été examinée pour détecter les oxydants d'ammoniac. Bien que des séquences génétiques pour l'ARNr 16S crénarchéote et deux sous-unités de la monooxygénase de l'ammoniac (amoA et amoB) aient été détectées par PCR, aucune indication de bactéries oxydantes d'ammoniac connues n'a été obtenue. Les analyses de séquences comparatives de ces fragments géniques ont démontré la présence d'une seule unité taxonomique opérationnelle, permettant ainsi d'attribuer les séquences amoA et amoB au phylotype d'ARNr 16S respectif, qui appartient au groupe I.1b largement distribué (groupe des sols) des Crenarchaeota. La technique de dépôts de rapporteur catalysé (CARD)-FISH combinée à la microautoradiographie (MAR) a démontré l'activité métabolique de cet archée en présence d'ammonium. Cette découverte a été corroborée par la détection de transcrits géniques amoA dans l'enrichissement. CARD-FISH/MAR a montré que l'AOA modérément thermophile est très active à 0,14 et 0,79 mM d'ammonium et est partiellement inhibée par une concentration de 3,08 mM. L'AOA enrichi, qui est provisoirement classé comme "Candidatus Nitrososphaera gargensis," est le premier oxydant d'ammoniac thermophile décrit et le premier membre du groupe I.1b des crénarchéotes pour lequel l'oxydation de l'ammonium a été vérifiée au niveau cellulaire. Sa préférence pour des conditions thermophiles relance le débat sur l'ascendance thermophile des AOA.