大規模並列ピロシーケンシングによるアラビドプシス転写産物のサンプリング

大規模並列シーケンシングによるDNAのピロシーケンシング技術は、従来のサンガーシーケンシングに比べてはるかに高いスループットと低コストを提供します。ゲノムのシーケンシングにはすでに広く使用されていますが、転写産物解析に対する大規模並列ピロシーケンシングの応用は比較的少ないと報告されています。この技術が転写産物の偏りのない表現を提供できるかをテストするために、アラビドプシス（Arabidopsis thaliana）の苗からmRNAを分析しました。2回のシーケンシング実行後、品質管理を経て541,852の発現配列タグ（EST）が得られました。ESTをアラビドプシスのゲノムおよびThe Arabidopsis Information Resource 7.0 cDNAモデルにマッピングした結果、次のことが示されました：(1) 大規模並列ピロシーケンシングは17,449の遺伝子座の転写を検出し、転写産物の非常に深いカバレッジを提供しました。2回目のシーケンシング実行によって特定された遺伝子の数は10%増加しましたが、全体の配列カバレッジは50%増加しました。(2) ESTを予測された全長転写産物にマッピングした結果、転写産物の長さや発現レベルに関係なく、転写産物のすべての領域が十分に表現されていることが示されました。さらに、短い、中間、長い転写産物が同じ割合で表現されました。(3) ゲノムにマッピングされた16,000以上のESTは、既存のdbESTデータベースには表現されていませんでした。いくつかのケースでは、ESTが予測された遺伝子から派生した転写産物に対する最初の実験的証拠を提供しており、少なくとも60のゲノム部位では、ピロシーケンシングが現在遺伝子として注釈されていない可能性のあるタンパク質コーディング配列を特定しました。これらの結果は、大規模並列ピロシーケンシングがアラビドプシスのゲノムの注釈を改善するのに役立つ新しい情報を提供することを示しています。さらに、転写産物の偏りのない表現は、完全なゲノム情報を持たない非モデル植物の遺伝子発見および遺伝子発現解析に特に有用です。GenBankにおけるEST配列アクセス番号はEH 795234からEH 995233、EL 000001からEL 341852です。