जोड़ी के आनुवंशिक अनुक्रम संरेखण का स्कोरिंग

जिस पैरामीटर के द्वारा संरेखण का स्कोर किया जाता है, वह संवेदीता और विशिष्टता को मजबूत रूप से प्रभावित कर सकता है। जबकि प्रोटीन संरेखण के लिए उचित पैरामीटर विकल्पों को अच्छी तरह से समझा गया है, आनुवंशिक DNA अनुक्रमों के लिए बहुत कम जाना जाता है। हम आनुवंशिक अनुक्रम संरेखण में न्यूक्लियोटाइड प्रतिस्थापन के स्कोरिंग के लिए एक सरल दृष्टिकोण का वर्णन करते हैं, विशेष रूप से मानव-चूहा तुलना में। स्कोर गैर-कोडिंग, गैर-दोहराव वाले आनुवंशिक क्षेत्रों में देखे गए संरेखित न्यूक्लियोटाइड्स की सापेक्ष आवृत्तियों से प्राप्त किए जाते हैं, और प्रतिस्थापन मॉडलों के माध्यम से सैद्धांतिक रूप से प्रेरित किए जा सकते हैं। निम्न संरचनात्मक जटिलता वाले संरेखण को डाउन-वेयट करके अतिरिक्त सटीकता प्राप्त की जा सकती है। हम एक मूल्यांकन प्रोटोकॉल का भी वर्णन करते हैं जो तब प्रासंगिक होता है जब संरेखण सभी और केवल समकक्ष स्थानों की पहचान करने के लिए intended होते हैं। एक विशेष स्कोरिंग मैट्रिक्स, जिसे HOXD70 कहा जाता है, मानव-चूहा तुलना के लिए सामान्यतः प्रभावी साबित हुआ है, और इसे जुलाई 2000 से PipMaker सर्वर द्वारा उपयोग किया गया है। हम लेकिन एक समस्या को खुला छोड़ते हैं कि कैसे मजबूती से पक्षपाती न्यूक्लियोटाइड संरचना वाले क्षेत्रों को प्रभावी रूप से स्कोर किया जाए, जैसे कि कम G + C सामग्री।