분자 표면에 대한 패턴 인식 전략: III. 신경망을 이용한 결합 부위 예측

분자 표면의 영역으로 표현되는 생체 분자의 가능한 결합 부위를 식별하기 위한 알고리즘이 소개된다. 이 알고리즘은 이 시리즈의 첫 번째 기사에서 설명한 대로, 분자 표면을 겹치는 패치로 분할하는 데 기반한다.1 이러한 패치의 특성(물리적 및 화학적 특성을 기반으로 계산된)은 7821개의 단백질 및 단백질 복합체의 분자 표면 분석에 사용된다. 알려진 단백질 결합 부위에 특별한 주의가 기울어진다. 계산된 데이터를 바탕으로 신경망 전략을 사용하여 결합 부위 식별 알고리즘이 실현된다. 신경망은 표면 패치를 단백질-단백질, 단백질-DNA, 단백질-리간드 또는 비결합 부위로 분류할 수 있다. 알고리즘의 능력을 보여주기 위해, 표면 분석 결과와 예측이 대표적인 예와 함께 제시되고 논의된다.