Estudo teórico da contribuição de cadeias laterais aromáticas para a dicróico circular do inibidor de tripsina pancreática bovina básico

A espectroscopia de dicróico circular (CD) é frequentemente empregada para determinar a composição da estrutura secundária de uma proteína. No entanto, isso assume que a região do UV distante do espectro, que é utilizada para essas análises, se deve apenas a contribuições da espinha dorsal do polipeptídeo. O inibidor de tripsina pancreática bovina básico (BPTI) possui um espectro de CD no UV distante incomum, o que dificultou tal análise. Uma possível razão para a discrepância é que outros cromóforos, como as cadeias laterais aromáticas (quatro tirosinas, quatro fenilalaninas), possam ser responsáveis. O espectro de CD do BPTI foi calculado empregando uma variação do método de matriz. Incluir apenas a espinha dorsal peptídica apresentou um fraco alinhamento entre teoria e experimento. Isso foi demonstrado ser independente da qualidade do cálculo realizado. A inclusão subsequente das contribuições da tirosina pouco melhorou o ajuste. No entanto, a inclusão adicional dos cromóforos de fenilalanina proporcionou um bom ajuste entre o espectro calculado e experimental no UV distante. As importantes contribuições surgem do agrupamento de aminoácidos aromáticos formado por duas tirosinas (Tyr21 e Tyr23) e três fenilalaninas (Phe22, Phe4 e Phe45). A consideração de ambos os tipos de cadeias laterais e de toda a espinha dorsal peptídica é essencial para produzir uma descrição precisa da curva de CD. No geral, esses resultados indicam que as contribuições de aminoácidos aromáticos podem perturbar significativamente o espectro de CD no UV distante de uma proteína, tornando a análise da estrutura secundária difícil. Isso é particularmente verdadeiro em sistemas como o BPTI, com baixas quantidades de estrutura alfa-helicoidal e aglomerados de aminoácidos aromáticos.