Ajustando la línea genealógica en su línea genealógica de especie, una estrategia de parsimonia ilustrada por cladogramas construidos a partir de secuencias de globina

Ajustando la línea genealógica en su línea genealógica de especie, una estrategia de parsimonia ilustrada por cladogramas construidos a partir de secuencias de globina. Syst. Zool. 28:132–163.—La filogenia genética para un conjunto de especies contemporáneas se define como el orden ancestral de ramificación de las líneas genealógicas genéticamente relacionadas que conducen a los genes expresados en las especies contemporáneas. La filogenia de especies para este conjunto de especies se define como la ramificación evolutiva de las líneas de especie que conducen a las especies contemporáneas. Dado que un gen determinado puede duplicarse dentro de su línea genealógica, y distintos genes hermanos pueden ser expresados por diferentes especies, las topologías de las líneas genealógicas y de especies pueden no ser las mismas para el mismo conjunto de especies contemporáneas. El presente documento desarrolla una estrategia de parsimonia para puntuar las duplicaciones de genes y los eventos de expresión génica necesarios para ajustar las líneas genealógicas en sus respectivas líneas genealógicas de especie. En la reconstrucción de parsimonia habitual, se hace un esfuerzo por minimizar el número de reemplazos nucleotídicos a lo largo del árbol. En el presente estudio, la suma de reemplazos nucleotídicos, duplicaciones de genes y eventos de expresión de genes es el valor a minimizar. Los eventos de expresión génica se clasifican además como eventos de pérdida de genes, mutaciones de reguladores activadores y mutaciones de reguladores inactivadores. El análisis de datos de secuencias de aminoácidos de las hemoglobinas alfa y beta y de las mioglobinas sugiere que las líneas genealógicas se desvían relativamente poco de las relaciones de especies establecidas, y que la mayoría de los pares de genes contemporáneos en este sistema filogenético pueden considerarse ortólogos (se separaron en el momento de la especiación) en lugar de parálogos (se separaron antes de la especiación). También parece que a medida que la muestra estadística de sitios de secuencias ortólogas se expande enormemente mediante la alineación en tándem de suficientes tipos diferentes de cadenas proteicas, la reconstrucción de parsimonia basada estrictamente en la longitud mínima de reemplazo nucleotídico revelará a su vez el cladograma correcto para el conjunto de especies contemporáneas.