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분할된 집단에서의 연관 불균형은 모든 하위 집단에 대한 평균 연관 불균형의 합과 관련된 유전자 빈도 간의 공분산과 같다는 것이 나타났다. 따라서, 분할된 집단에서는 각 하위 집단에서의 연관 불균형이 0일지라도 전체 집단의 연관 불균형이 0이 아닐 수 있다. 한 집단이 두 개의 하위 집단으로 나뉘고 이들 사이에 이주가 발생하는 경우, 연관 평형에 접근하는 비대칭 속도는 r 또는 2(m(1) + m(2)) - (m(1) + m(2))(2) 중 더 작은 값과 같다. 여기서 r은 재조합 값이고, m(1) 및 m(2)는 각각 하위 집단 1과 2의 이민자 비율이다. 따라서, 이주 비율이 재조합 값에 비해 높으면, 분할된 집단에서의 연관 불균형 변화는 단일 무작위 교배 집단과 유사하다. 반면, 이주 비율이 낮으면, 분할된 집단에서 연관 평형에 접근하는 속도가 지연될 수 있다. 고립된 집단이 이주를 통해 유전자를 교환하기 시작하면, 중립적 위치의 경우에도 연관 불균형이 일시적으로 증가할 수 있다. 초우세적 선택이 작용하고 두 하위 집단에서 평형 유전자 빈도가 다르면, 각 하위 집단에서 에피스타시스 없이 영구적인 연관 불균형이 발생할 수 있다.
Nei et al. (Sat,)이 이 질문을 연구하였다.
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