Mecanismo de Desenganche de Dúplexes de ADN-PNA y ADN-PNA Conjugados con Poliarginina, Preconfinedos Dentro del Nanoporo de α-Hemolisina

En este trabajo, se presentan estudios comparativos sobre el desenganche de dúplexes de ADN-PNA y de ADN-PNA conjugados con poliarginina dentro del nanoporos de α-hemolisina (α-HL). Identificamos diferencias significativas en las corrientes de bloqueo, ya que el voltaje aplicado a través del nanoporo facilitó la captura del dúplex dentro del vestíbulo del nanoporo contra la región de constricción, posterior inserción de la hebra de cDNA dentro del barril β del nanoporo más allá del sitio de constricción, su desenlace completo del dúplex, y translocación. Observamos que dentro del nanoporo con sesgo de voltaje, los dúplexes de ADN-PNA conjugados con poliarginina deshidrogenizan más rápido que sus homólogos de ADN-PNA y propusimos un modelo para describir el desenganche del dúplex. Este estudio identifica particularidades clave del desenganche de dúplexes de ADN-PNA a medida que ocurre dentro del nanoporo y siendo precedido por la atrapamiento en el dominio del vestíbulo de α-HL. Nuestros resultados son un paso crucial hacia la comprensión de la variabilidad en la cinética del desenganche de los dúplexes de ácidos nucleicos, en geometrías confinadas y variables.