テトラマーd(CpGpCpG)は左巻きの二重らせんとして結晶化する。

テトラマーd(CpGpCpG)の構造は、精子アミンカチオンの有無で異なる2つの結晶形においてX線分析によって解明された。分子は六角形の単位格子に結晶化し、以前に報告されたヘキサマーd(CpGpCpGpCpG)と類似のZ-DNAの左巻きの二重らせんを形成する。結晶格子内で分子は重なり合い、ほぼ連続的な左巻きの二重らせんを形成するが、その中では4つ目のリン酸基が欠落している。塩基の重なりはヘキサマーで見られるものに似ている。しかし、塩基対は微妙に異なる向きを持ち、シトシン残基はヘキサマーで占める位置と比較して分子の軸からやや離れている。構造は精子アミンカチオンの有無にかかわらず2つの結晶形で類似している。