植物の免疫受容体レパートリーの特性評価のための標的長リードシーケンシングアプローチの比較分析

背景: オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズのMinION™シーケンサーは、小型で携帯可能、低コストのデバイスであり、あらゆる規模のラボがアクセス可能で、現場でのシーケンシング実験に適しています。作物の選抜育種は遺伝的多様性の減少を引き起こし、野生の近親種は病原体への新しい遺伝的抵抗性の重要な供給源であり、通常はNLR免疫受容体コーディング遺伝子を介して行われます。最近の研究では、作物のNLRレパートリーがIlluminaまたはPacBio（RenSeq）でシーケンシングのターゲットにされ、病原体抵抗性を担う特定の遺伝子が同定できることが示されています。結果: MinIONの実行あたりの配列収量はIlluminaよりも低いため、標的再シーケンシングは効率的なアプローチとなります。MinIONはPacBioと同様に長いリードを生成しますが、高精度のマルチパスコンセンサスリードを生成しないため、下流のバイオインフォマティクスに課題が生じます。ここでは、MinIONデータがRenSeqにどのように使用でき、PacBioに類似した結果を達成できるかを示し、新たなNLR遺伝子フュージョンがNanopore RenSeqパイプラインを介してどのように同定できるかを示します。結論: 説明されたライブラリ調製およびバイオインフォマティクス手法は、他の遺伝子ファミリーや、任意の標的長DNAフラグメントナノポアシーケンシングプロジェクトに適用可能であるべきです。