Tiempo de divergencia y tamaño de población en la línea que conduce a los humanos modernos

Hemos desarrollado métodos de máxima verosimilitud (ML) para comparar secuencias nucleotídicas de regiones genómicas no vinculadas. En el caso de una sola especie, el método ML estima principalmente el tamaño efectivo de la población (Ne) bajo condiciones de tamaño constante y expansión abrupta. En el caso de dos o tres especies, el método ML estima simultáneamente el tiempo de divergencia de las especies y el tamaño efectivo de las poblaciones ancestrales. Esto nos permite rastrear la historia evolutiva de la población humana durante los últimos varios millones de años (my). Las secuencias disponibles en loci autosómicos humanos indican Ne = 10,000 en el Pleistoceno tardío, una cifra concordante con los resultados obtenidos del análisis de secuencias de ADN mitocondrial y datos de frecuencia alélica, y no hay indicaciones de expansión poblacional. El análisis ML de dos especies muestra que los humanos divergieron de los chimpancés hace 4.6 my y que el clado humano y de chimpancés se separó del gorila hace 7.2 my. Además, el tamaño efectivo de la población de los humanos hace más de 4.6 my es casi 10 veces mayor que Ne de los humanos modernos. El tamaño efectivo de la población en la línea humana no parece haber permanecido constante durante los últimos varios millones de años. El modelo ML para tres especies predice resultados ligeramente diferentes, pero consistentes con los obtenidos en el análisis de dos especies.