稲（Oryza sativa L.）における連鎖不平衡の範囲

世界の主要作物の一つであるにもかかわらず、アジア稲（Oryza sativa）のゲノム全体にわたる連鎖不平衡（LD）パターンは体系的に特徴付けられていません。この情報は、関連手法を用いて複雑な形質のマッピングのためにゲノム配列を完全に活用するために重要です。ここでは、3つの主要な栽培稲品種（インディカ、熱帯ジャポニカ、温帯ジャポニカ）とアジア稲の野生祖先であるOryza rufipogonの稲ゲノムの5つの500-kb領域におけるLDを特徴付けます。各集団における背景連鎖不平衡の量を決定するために非連結SNPを使用した結果、LDの範囲は温帯ジャポニカが最も大きく（おそらく>500 kb）、次に熱帯ジャポニカ（約150 kb）、インディカ（約75 kb）となりました。LDは、ここで評価したO. sativa群の中でO. rufipogonにおいて最も短い距離（<<40 kb）で拡がります。これらの群間のLDの範囲の違いは、交雑と組換え率の推定の違いと一致しています。群間の異質性に加えて、私たちの結果はゲノム領域間のLDパターンにおける変動を示唆しています。適度な数のSNPを用いた栽培アジア稲における全ゲノム関連マッピングの実現可能性を実証します。