Descoberta Rápida de Polimorfismos de Nucleotídeo Único em Escala Genômica em Soja e Arroz Através da Re-sequência Profunda de Bibliotecas de Representação Reduzida com o Analisador de Genoma Illumina

As plataformas de sequenciamento massivamente paralelas permitiram a descoberta rápida de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) entre genótipos relacionados dentro de uma espécie. Descrevemos a criação de bibliotecas de representação reduzida (RRLs) usando uma digestão inicial do DNA genômico nuclear com uma endonuclease de restrição sensível à metilação, seguida por uma digestão secundária com a endonuclease de restrição DpnII. Essa estratégia permite o enriquecimento de DNA genômico hipometilado, que se mostrou rico em sequências gênicas, e a digestão com DpnII serve para aumentar o número de locais comuns re-sequenciados entre indivíduos. A re-sequência profunda dessas RRLs, realizada com o Analisador de Genoma Illumina, levou à identificação de 2618 SNPs em arroz e 1682 SNPs em soja para dois genótipos representativos em cada uma das espécies. Um subconjunto desses SNPs foi validado por sequenciamento Sanger, exibindo taxas de validação de 96,4 e 97,0% em arroz (Oryza sativa) e soja (Glycine max), respectivamente. A análise comparativa da distribuição de leituras em relação a genes anotados nas montagens do genoma de referência indicou que a estratégia RRL estava principalmente amostrando dentro das regiões gênicas para ambas as espécies. O sequenciamento massivamente paralelo de RRLs sensíveis à metilação para descoberta de SNP em escala genômica pode ser aplicado a uma ampla gama de espécies vegetais que tenham sequência genômica de referência suficiente.