膜結合タンパク質の構造予測

二十のアミノ酸の物理的特性に基づいた予測アルゴリズムが考案され、提案されたバクテリオロドプシン構造と比較することによって洗練され、脂質二重層と相互作用することが知られているタンパク質の一次配列における膜に埋もれている可能性のある領域を明確に delineate することを目的としています。この手法を牛ロドプシンのカルボキシル末端の三分の一に適用したところ、膜に埋もれたヘリカルヘアピン構造が予測されました。バクテリオロドプシン内の脂質に埋もれたセグメントと他の膜結合タンパク質におけるアルゴリズムによって予測された領域を使用して、脂質と接触する際の二十のアミノ酸の嗜好度の階層的ランク付けが計算されました。予測された領域のヘリカルホイール分析は、どのヘリカル面がタンパク質内部にあり、どの面が脂質二重層と接触しているかを示唆しています。