A型RNA二重鎖の主要溝に位置する擬似ウリジンN1イミノプロトンの特性

隣接する内部位置にある2つの擬似ウリジン（psi）塩基の交換可能なN1イミノプロトンは、未十量体RNA二重鎖（5'AUAC psi psi ACCUG/3'UAUGAAUGGUC）の主要な溝の環境を報告できます。これらの残基のpsi N1イミノプロトンは、鎖間ワトソン・クリック水素結合に関与していないため、溶媒の水と化学的に交換されることから保護され、したがってH2OにおけるプロトンNMRスペクトルで観察可能です (1)。これらのプロトンは、pH値が上昇するか、二重鎖の熱変性が起こると容易に交換されます。100 mM NaClまたは10 mM MgCl2と100 mM NaClの条件下におけるpsi N1イミノプロトンの縦緩和時間（T1）は、ワトソン・クリック塩基対形成に関与するpsi N3イミノプロトンの約2倍速いです。スペルミジンを添加すると、psi N1イミノプロトンは二重鎖の融解温度より約20度C低い温度で容易に交換可能になります。