La subunidad p50 del NF-kappa B se asocia con el factor de transcripción NF-IL6.

El polipéptido NF-kappa B-p50, un miembro de la familia Rel de factores de transcripción, se produjo como una proteína de fusión que contiene adiciones de péptidos en el extremo amino que facilitan la purificación y detección con un anticuerpo monoclonal y un etiquetado radiactivo específico mediante fosforilación in vitro. El polipéptido de fusión NK-kappa B-p50 marcado con 32P se utilizó como sonda en experimentos de Western blot y en cribados de una biblioteca de expresión de bacteriófagos para aislar cDNAs que codifican dominios de proteínas interactivas. Como era de esperar, se identificaron cDNAs que codifican proteínas de la familia Rel. Sorprendentemente, la proteína NF-kappa B marcada con 32P también se unió específicamente a proteínas codificadas por cDNAs para el factor de transcripción humano NF-IL6. Las proteínas NF-kappa B-p50 y NF-IL6 interactúan directamente, y el dominio de homología Rel y el motivo de cierre de leucina, respectivamente, son importantes para esta interacción. Dado que la inducción de los factores NF-kappa B y NF-IL6 son eventos importantes en las respuestas inmunitarias y de fase aguda, esta interacción podría permitir la co-regulación de genes.