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La estructura secundaria del ADN puede afectar el tiempo de migración y la precisión de las separaciones de ADN en los geles físicos utilizados en la electroforesis capilar (CE). Para contrarrestar estos efectos, se realiza la tipificación de ADN utilizando temperaturas elevadas (60 grados C) y altas concentraciones (7 M) de urea. Estas condiciones afectan la precisión y la duración del análisis. Para comprender mejor los efectos de estas condiciones en la reproducibilidad de la migración de ADN, examinamos los efectos de la temperatura y el pH en el análisis de repeticiones en tándem cortas (STR) utilizando el Analizador Genético PE/ABI 310. Las separaciones se realizaron utilizando el sistema Profiler + multiplex, un conjunto de STR coamplificados con un motivo de repetición de 4 bases, etiquetados en el extremo 5' utilizando colorantes fluorescentes. Las separaciones analíticas se obtuvieron utilizando un tampón comercial a pH 8 y un tampón experimental que consiste en 3% de hidroxietilcelulosa en configuraciones de pH que van desde 8-12. Se utilizó detección por fluorescencia inducida por láser multicanal. Se examinaron temperaturas de 30-70 grados C. Los resultados demuestran que se pueden llevar a cabo separaciones altamente eficientes a pH alcalino. Además, se observaron mejoras en la estabilidad de temperatura en comparación con los resultados a pH más bajo. Sin embargo, se encontró que se requieren altas concentraciones de urea para lograr una resolución óptima.
Nock et al. (Thu,) estudiaron esta cuestión.