シングルコーディネートドライブ法とシミュレーテッドアニーリングを組み合わせた手法。構造空間を探索するための効率的なツール

単鎖AUG RNAトリマーが、AMBER分子力学とインターフェースを持つCICADAプログラムに組み込まれた単一内部座標ドライブ法を用いた計算ツールによって研究されました。CICADAは、小規模および中規模の柔軟な有機分子の構造空間の全体的な記述において良好なツールとして以前に登場しましたが、この特定のケースでは失敗し、分子動力学よりも10 kcal/mol高い最良の最小値を示しました。その後、シングルコーディネートドライブ（SCD）法とシミュレーテッドアニーリング（SA）を組み合わせ、CICADAおよび分子動力学の両方から得られたものよりも大幅に良好なグローバル最小値を得ました。さらに、両方の最小値間の相互変換経路が明らかになりました。新しいグローバル最小値は、実験データで報告されているようにG末端でのスタッキングの違反を示しています。他の方法で得られ文献に報告されたデータと比較して、新しい方法はより良い結果をもたらします。加えて、新しい方法は構造空間の遠く離れた部分を接続する構造変換の経路を見つけることができます。この方法は、CICADAプログラムの更新版に実装されています。結果は、相対的に小さい分子のPESでさえ多くの局所最小値を示し、最小値が構造ファミリーにクラスター化される必要があることを確認しました。