برنامج مفتوح المصدر لتحليل بيانات المصفوفات الدقيقة

تمثل اختبارات المصفوفات الدقيقة للحمض النووي التطبيق الأول المستخدم على نطاق واسع الذي يحاول البناء على المعلومات المقدمة من مشاريع الجينوم في دراسة الأسئلة البيولوجية. واحدة من أكبر التحديات عند العمل مع المصفوفات الدقيقة هي جمع البيانات وإدارتها وتحليلها. على الرغم من وجود عدة حلول تجارية وغير تجارية، إلا أن هناك مجموعة متزايدة من البرامج مفتوحة المصدر المتاحة مجانًا التي تسمح للمستخدمين بتحليل البيانات باستخدام مجموعة من التقنيات الموجودة وتطوير تقنياتهم الخاصة ودمجها داخل النظام. هنا نقوم بمراجعة ثلاثة من الأنظمة الأكثر استخدامًا وشمولية، أدوات التحليل الإحصائي المكتوبة بلغة R من خلال مشروع Bioconductor (http://www.bioconductor.org)، ونظام البرمجيات TM4 القائم على Java المتاح من معهد الأبحاث الجينومية (http://www.tigr.org/software)، وBASE، النظام القائم على الويب الذي تم تطويره في جامعة لوند (http://base.thep.lu.se).