Mejorando la predicción de la estructura secundaria de enzimas –TIM-barrel—

La información contenida en conjuntos alineados de secuencias de proteínas homólogas debería mejorar la puntuación de la predicción de la estructura secundaria. Se utilizaron siete enzimas diferentes con el pliegue (β/α)8 o TIM-barrel para optimizar la predicción con respecto a esta clase de enzimas. Las propensiones a la α-hélice, β-strand y bucle del método de Garnier—Osguthorpe—Robson se promediaron en posiciones de residuos alineados, lo que llevó a una mejora significativa sobre la puntuación promedio obtenida de secuencias individuales. La mayor precisión se correlaciona con la variabilidad secuencial promedio del conjunto alineado. Se obtuvieron mejoras adicionales al usar las siguientes propiedades promediadas como pesos para las propensiones de estado promediadas: momento anfipático y α-hélice; hidropatía y β-strand; flexibilidad de cadena y bucle. El agrupamiento de residuos conservados en los extremos C-terminales de las 13 hebras se utilizó como un peso positivo adicional para la propensión a β-strand y aumentó decisivamente la predicción de β-strands que de otro modo no habrían sido predichas. El método de predicción ponderada automática identifica más del 95% de los elementos de la estructura secundaria del conjunto de siete enzimas TIM-barrel.