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A metilação de citosina é uma característica da informação epigenética no DNA de muitos fungos, vertebrados e plantas. A técnica de sequenciamento genômico com bisulfito revela o estado de metilação de cada citosina individual em uma sequência e, assim, fornece dados de alta resolução sobre a diversidade epigenética; no entanto, a avaliação e documentação manual de grandes quantidades de dados é trabalhosa e propensa a erros. Embora algum software esteja disponível para facilitar a análise da metilação do DNA de mamíferos, que é encontrada quase exclusivamente em locais CG, não há software otimamente adequado para dados de DNA com metilação não CG significativa. Descrevemos o CyMATE (Cytosine Methylation Analysis Tool for Everyone) para análise in silico de sequências de DNA após a conversão de bisulfito do DNA de plantas, na qual a metilação é mais divergente em relação ao contexto da sequência e relevância biológica. A partir de sequências alinhadas, o CyMATE inclui e diferencia a metilação em CG, CHG e CHH (onde H = A, C ou T), e pode extrair dados tanto quantitativos quanto qualitativos sobre metilação geral e específica de padrões por sequência e por posição, ou seja, dados para locais individuais em uma sequência e a divergência epigenética dentro de uma amostra. Além disso, pode fornecer saída gráfica a partir de alinhamentos em uma visão geral ou em uma visão 'zoom-in' como arquivos pdf. Informações detalhadas, incluindo um controle de qualidade dos dados de sequenciamento, são fornecidas em formato de texto. Aplicamos o CyMATE à análise da metilação de DNA em promotores silenciados transcricionalmente em Arabidopsis diploide e poliploide e encontramos hipermetilação significativa, alta estabilidade do estado metilado independente do número de cromossomos, e padrões não redundantes de distribuição de mC. O CyMATE está disponível gratuitamente para uso não comercial em http://www.gmi.oeaw.ac.at/CyMATE.
Hetzl et al. (Sex,) estudaram esta questão.