Un algoritmo eficiente para localizar todas las alineaciones óptimas locales entre dos secuencias permitiendo huecos

Se describe un algoritmo eficiente para localizar alineaciones óptimas locales entre dos secuencias permitiendo inserciones y eliminaciones. El algoritmo se basa en el de Smith y Waterman que devuelve la única mejor alineación local. Sin embargo, el algoritmo descrito aquí permite determinar todas las alineaciones óptimas locales no intersecadas en una sola pasada a través de la matriz de comparación. El algoritmo simplifica la localización de repeticiones, múltiples dominios y motivos desordenados, y es lo suficientemente rápido como para ser utilizado en una estación de trabajo convencional para escanear grandes bases de datos de secuencias.