Transformación inesperada de los apagadores de agujeros negros en la purificación electroforética de las sondas TaqMan que contienen fluoresceína

Los apagadores de fluorescencia BHQ1 y BHQ2 pueden ser modificados por cantidades traza de persulfato de amonio, utilizado para iniciar la polimerización del gel, en la purificación electroforética de sondas TaqMan utilizando un gel de poliacrilamida desnaturalizante. El estudio de caso del apagador BHQ1 ha demostrado que una reacción de Boyland-Sims ocurre en presencia de persulfato de amonio para dar el sulfato correspondiente. El máximo de absorción del apagador resultante se desplaza a la región de longitud de onda corta en relación con el máximo de absorción del BHQ1 inicial. La sonda TaqMan que contiene dicho apagador es menos eficiente en comparación con la sonda que lleva un BHQ1 no modificado. La presencia de fluoresceína en la sonda TaqMan juega un papel decisivo en esta transformación: la modificación del apagador ocurre a una velocidad considerablemente más baja cuando la fluoresceína está ausente o reemplazada por un colorante de rodamina (por ejemplo, R6G). Se asume que la reacción observada puede llevarse a cabo de dos maneras: tanto en la oscuridad como en la reacción del apagador en un estado excitado debido a la transferencia de energía del fluoróforo irradiado por la luz.