Variation saisonnière de la composition du microbiome intestinal humain

La composition du microbiome intestinal humain est influencée par de nombreux facteurs environnementaux. L'alimentation est considérée comme l'un des déterminants les plus importants, bien que nous ayons une compréhension limitée de l'ampleur à laquelle les fluctuations alimentaires modifient la variation du microbiome intestinal entre les individus. Dans cette étude, nous avons examiné la variation de la composition du microbiome intestinal entre l'hiver et l'été au cours d'une année chez 60 membres d'une population fondatrice, les Huttérites. En raison de leur mode de vie communautaire, les régimes huttérites sont similaires entre les individus et remarquablement stables tout au long de l'année, à l'exception du fait que les produits frais sont principalement servis pendant les mois d'été et d'automne. Nos données indiquent que malgré la stabilité globale du microbiome intestinal au sein des individus au fil du temps, il existe des changements cohérents et significatifs dans la composition du microbiome à l'échelle de la population à travers les saisons. Nous avons trouvé des différences saisonnières à la fois (i) dans l'abondance de certaines taxons (taux de fausse découverte <0,05), y compris des phylums très abondants Bacteroidetes et Firmicutes, et (ii) dans la diversité globale du microbiome intestinal (selon la diversité de Shannon ; P = 0,001). Il est probable que les fluctuations alimentaires entre les saisons concernant la disponibilité des produits expliquent, au moins en partie, ces différences de composition du microbiome. Par exemple, les niveaux élevés de produits contenant des glucides complexes consommés pendant les mois d'été pourraient expliquer l'augmentation de l'abondance de Bacteroidetes, qui contiennent des digestifs de glucides complexes, et la diminution des niveaux d'Actinobacteria, qui ont été négativement corrélés à la teneur en fibres dans les questionnaires alimentaires. Nos observations démontrent la nature plastique du microbiome intestinal humain en réponse à la variation de l'alimentation.