Genomweite Analyse der Auxinantwortfaktor-Genfamilie in Gurken

Auxinantwortfaktoren (ARFs) sind an der transkriptionalen Regulation einer Reihe biologischer Prozesse beteiligt, die mit Wachstum und Entwicklung zusammenhängen. Die ARF-Gene bilden eine große Multigenfamilie in Pflanzen. Kürzlich wurde ein Entwurf der vollständigen Genomassemblierung der Gurke (Cucumis sativus) veröffentlicht; jedoch wurden keine der ARF-Gene charakterisiert. Wir haben eine umfassende Analyse der ARF-Gene in dieser Art durchgeführt. Fünfzehn ARF-Gene wurden identifiziert und konnten in drei Klassen unterteilt werden. Die Anwesenheit und Position von Introns waren innerhalb einer phylogenetischen Gruppe bis zu einem gewissen Grad konserviert. Basierend auf der Analyse der Genomverteilung scheint die tandemduplikation zur Expansion der ARF-Gene beigetragen zu haben. Bestimmte Motive waren selektiv unter spezifischen Kladen verteilt. Vermutete Cis-Elemente, die an der Auxinantwort, Lichtsignalantworten, Phytohormonen und Abwehrreaktionen beteiligt sind, wurden in den Promotorregionen der ARF-Gene identifiziert. Fast alle ARF-Gene wiesen ein konstitutives Expressionsmuster auf, was andeutet, dass funktionale Redundanzen zwischen den ARF-Proteinen bestehen.