Quantifizierung von Bakterien, die an die gastrointestinalen Mukosa haften, durch Echtzeit-PCR

Die Verwendung von Echtzeit-quantitativer PCR (5'-Nuklease-PCR-Assay) als Werkzeug zur Untersuchung der gastrointestinalen Mikroflores, die an die kolorektale Mukosa haften, wurde bewertet. Wir entwickelten Primer und Sonden auf Basis der 16S ribosomalen DNA-Genabschnitte zur Detektion von Escherichia coli und Bacteroides vulgatus. DNA wurde aus reinen Kulturen und aus Dünndarmbiopsien isoliert und durch den 5'-Nuklease-PCR-Assay quantifiziert. Der Assay zeigte eine sehr hohe Sensitivität: Bereits 1 CFU von E. coli und 9 CFU von B. vulgatus konnten detektiert werden. Die Spezifitäten der Primer-Sonden-Kombinationen wurden mit Proben bewertet, die mit den engsten Verwandten von E. coli und B. vulgatus sowie mit acht anderen Darmmikrofloraarten angereichert waren. Mukosaproben, die mit bekannten Mengen an E. coli oder B. vulgatus DNA angereichert waren, zeigten keine PCR-Inhibierung. Wir schließen daraus, dass der 5'-Nuklease-PCR-Assay eine nützliche Alternative zu herkömmlichen Kulturtechniken sein könnte, um die tatsächliche in vivo Zusammensetzung einer komplexen mikrobiellen Gemeinschaft wie der Darmmikroflores zu untersuchen.