taxize: búsqueda y recuperación taxonómica en R.

Todas las especies están jerárquicamente relacionadas entre sí, y usamos nombres taxonómicos para etiquetar los nodos en esta jerarquía. Los datos taxonómicos están cada vez más disponibles en la web, pero los científicos necesitan una forma de acceder a ellos de manera programática que sea fácil y reproducible. Hemos desarrollado taxize, un paquete de software de código abierto (disponible gratuitamente en http://cran.r-project.org/web/packages/taxize/index.html) para el lenguaje R. taxize proporciona un acceso simple y programático a datos taxonómicos de 13 fuentes de datos alrededor de la web. Discutimos la necesidad de un conjunto de herramientas taxonómicas en R y esbozamos una serie de casos de uso para los que taxize es idealmente adecuado (incluyendo un flujo de trabajo completo como apéndice). El paquete taxize facilita la ciencia abierta y reproducible al permitir que la recolección de datos taxonómicos se realice en la plataforma R de código abierto.