Influência do Conteúdo de Resíduos Básicos nas Intensidades dos Picos de Íons Fragmento em Espectros de Dissociação Induzida por Colisão de Baixa Energia de Peptídeos

A principal utilidade da digestão com tripsina em proteômica é que ela cleava proteínas em locais previsíveis, mas também é notável por produzir peptídeos que terminam em resíduos básicos de arginina e lisina. Peptídeos trypticos fragmentam em espectrometria de massa em tandem com ion trap para produzir íons da série y C-terminal proeminentes. Digestões proteolíticas alternativas podem produzir peptídeos que não seguem essas regras. Neste estudo, examinamos 2568 peptídeos gerados através da digestão com proteína K, uma técnica que produz uma maior diversidade de conteúdo de resíduos básicos em peptídeos. Mostramos que a posição dos resíduos básicos dentro dos peptídeos influencia as intensidades dos picos dos íons das séries b e y; um resíduo básico próximo ao N-terminal de um peptídeo pode levar a picos proeminentes da série b em vez dos intensos picos da série y associados a peptídeos trypticos. Os efeitos da presença e posição de arginina, lisina e histidina são explorados separadamente e em combinação. Arg apresenta os efeitos mais dominantes, seguido de His e depois por Lys. Íons fragmento contendo resíduos básicos produzem picos mais intensos do que aqueles sem resíduos básicos. Íons precursor duplamente carregados geralmente têm sido modelados como produzindo apenas íons fragmento monovalentes, mas íons fragmento que contêm dois resíduos básicos podem aceitar ambos os prótons durante a fragmentação. Ao caracterizar a influência dos resíduos básicos na fragmentação em fase gasosa de peptídeos, esta pesquisa torna possíveis modelos de fragmentação mais precisos para algoritmos de identificação de peptídeos.