The Molecular Genetics of Bacteriophage P1

THE PI IMMUNITY SySTEM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . The immC Region and Its cI Gene . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Sites of gpcl action . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Regulation of cl activity . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . The immI Region and Its Genes . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . sim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . c4, virB, anUreb . Mechanism of anUreb action . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . PI SITE-SPECIFIC RECOMBINATION . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . . . . . The cre-Iox Site-Specific Recombination System . .. . . . .. . . . . . . . .... . . . . ........ . . ...... . .. . . The role of site-specific recombination in the PI life cycle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . The lox site .... . . . . . . . ........ . The cre protein (gpcre) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Consequences of recombination at lox sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . The C-Loop Inversion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. .. . . MAINTENANCE OF THE PI PLASMID PROPHAGE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ......... .. Evidence for a Dual Replication System . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . The R Replicon and Its Associated Partition (par) Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ��: ;a��frf��O�;g;��:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::: The L Replicon . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . PI VEGETATIVE GROWTH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . Transcription . . . . . . . . . . . .. . . ....... .. ... . . . . . . . ......... . . .. . . . . . . . . ...... . Lytic Replication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . pac Cutting: Possible Involvement in Sigma-Type Replication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . FUTURE PROSPECTS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124