Hydrophobic Groups Stabilize the Hydration Shell of 2′-O-Methylated RNA Duplexes

Einfaches Ersetzen einer 2′-OH- durch eine 2′-OMe-Gruppe bewirkt bei bestimmten RNA-Strukturen eine merkliche Verstärkung wichtiger Solut-Solvens-Wechselwirkungen. Moleküldynamiksimulationen enthüllten die Komplexität der mit dem Einbringen hydrophober Gruppen in hydrophile Systeme verbundenen Effekte (im gezeigten 2′-OMe(GpC)-Basenpaar ist ein verbrückendes Wassermolekül mit langer Residenzzeit in der kleinen Schleife mit einem Pfeil markiert). Grün=Cytosin-Gerüst, schwarz=Guanin-Gerüst, rot=Sauerstoffatome von Wasser und den Carbonylgruppen der kleinen Schleife, blau=Stickstoffatome der kleinen Schleife.