Studies of genomes of dairy bacteria Lactococcus lactis

Lactococcus lactis est la bacterie la plus commune dans les levains du fromage. On estime que les hommes consomment annuellement plus de 1 018 de ces bacteries. Deux souches, IL1403 et MG1363, isolees des sources industrielles et curee des plasmides, sont utilisees pour le clonage d'ADN, et pour etudier la genetique et la biologie moleculaire de cette bacterie. Ces souches appartiennent a deux clusters de souches de L. lactis designe lactis et cremoris, distincts par les spectres des produits de fermentation laitiere. Pour creer une base pour des etudes genomiques de L. lactis, nous avons sequence le genome entier de la souche IL1403 et execute un « co-linear scaffolding » du chromosome de la souche MG1363. Le « co-linear scaffolding » » consiste en un sequencage aleatoire d'un nombre limite de clones et une cartographie par long range PCR des regions co-lineaires des deux genomes, dont un a ete completement sequence. Dans les regions co-lineaires, etablies par PCR, le contenu des genes et leur ordre devraient etre identiques. Le « co-lineare scaffolding » du genome de MG1363, qui partage une identite de 85 % avec celui d'Il1403, permet l'acces rapide a 50 % des genes de cette souche.