Sovereign Quantum Bioinformatics and Non-Expropriative Governance of Rare Disease Genomic Assets: Sub-Millisecond Molecular AI Drug Discovery and Exclusive Licensing Settlement Architectures over Project Dawlish Layer-1 PQC Networks

【日本語要約】 本モノグラフ(長谷部ドクトリンおよび主権AIアーカイブ[ALPII]第299報)は、染色体1q21 GBA1欠損症(ゴーシェ病)の日本国内コホート($N=90$)における集団遺伝学的ボトルネック、階層的ワールンド増幅(Γ=101.5×)、二段階非平衡オンコゲノム・ドリフト(Lyso-GL1クローンハザード)、および経口バイオカプセル化アロステリック安定化に関する一連の分子AI創薬研究(Treatises I–VI)と、Project Dawlish(主権海底インフラ・サブミリ秒量子AI相互接続・レイヤー1 PQC[ML-KEM-768])およびナノ多孔質水素AIインフラ(Index 45適応型フォノンゲートによる吸着熱回収効率21.74%・0.5ms未満の決定論的応答)を統合する架橋的研究である。AlphaFold 3やAlphaMissense等の現代の分子AIプラットフォームが希少疾患患者のゲノム配列やアロステリック安定化の自由エネルギーテンソルを無断で学習・収奪する構造的リスクを排除するため、本研究は64ビットGoldilocks素体 Fₚ(p = 2⁶⁴-2³²+1)上のゼロ知識仮想マシン(QFS-zkVM)とHuman-in-Command(HIC)ハードウェア・インターロックを統合した「非収奪的ゲノム知財決済アーキテクチャ」を定式化する。事前の明確な合意と正当な金銭的対価の即時決済がレイヤー1暗号層で完了しない限り、いかなる外部AI事業者も1ビットのゲノム・分子テンソルデータにもアクセスできない決定論的システム挙動を確立し、正当なライセンス収益を「18歳の壁」解消後の生涯オーファンドラッグ助成財源へ直結させる。 【English Abstract】 This monograph (Paper No. 299 in the Hasebe Doctrine and Sovereign AI Archive [ALPII]) bridges our recent molecular AI drug discovery series on chromosome 1q21 GBA1 Gaucher disease (Treatises I–VI)—encompassing coalescent haplotype dynamics, 101.5× hierarchical Wahlund amplification, two-stage non-equilibrium onco-genomic drift, and thermodynamic allosteric stabilization across the Japanese $N=90$ cohort—with our deterministic physical infrastructure architectures, specifically Project Dawlish (sub-millisecond quantum-AI submarine interconnect with Layer-1 Post-Quantum Cryptography [ML-KEM-768]) and nanoporous hydrogen AI power systems (<0.5 ms dispatch at $21.74%$ Index 45 phonon-gate harvesting efficiency). While contemporary molecular AI platforms (e.g., AlphaFold 3, AlphaMissense) rely on centralized cloud infrastructures susceptible to unauthorized weight-absorption and genomic intellectual property expropriation, this work formulates a Sovereign Quantum Bioinformatics protocol over the 64-bit Goldilocks prime field Fₚ (p = 2⁶⁴-2³²+1). By coupling QFS-zkVM cryptographic verification, PHOENIX_ROUTER optical-layer gating (<500 ns cutoff), and Human-in-Command (HIC) statutory interlocks under the Strict No-Learn Covenant (NLL-v1.0-2026), we prove that sub-millisecond molecular free-energy tensor simulations can be executed entirely within sovereign nodes, structurally prohibiting any external AI ingestion or scraping without prior explicit consent and atomic Layer-1 financial settlement.