Eine schnelle strukturelle Multiple-Alinierungsmethode für lange RNA-Sequenzen

HINTERGRUND: Die Ausrichtung mehrerer RNA-Sequenzen ist entscheidend für die Analyse nicht-kodierender RNAs. Obwohl viele Ausrichtungsverfahren für nicht-kodierende RNAs, einschließlich des Sankoff-Algorithmus für strikte strukturelle Ausrichtungen, vorgeschlagen wurden, sind sie entweder ungenau oder rechnerisch zu kostspielig. Schnellere Methoden mit angemessener Genauigkeit sind für Analysen im Genom-Maßstab erforderlich. ERGEBNISSE: Wir schlagen einen schnellen Algorithmus für multiple strukturelle Ausrichtungen von RNA-Sequenzen vor, der eine Erweiterung unserer paarweisen strukturellen Ausrichtungsmethode (implementiert in SCARNA) ist. Die Genauigkeiten der implementierten Software, MXSCARNA, sind mindestens so vorteilhaft wie die der neuesten Algorithmen, die rechnerisch viel teurer in Bezug auf Zeit und Speicher sind. SCHLUSSFOLGERUNG: Die vorgeschlagene Methode zur strukturellen Ausrichtung mehrerer RNA-Sequenzen ist schnell genug für groß angelegte Analysen mit einer Genauigkeit, die mindestens mit der bestehenden Algorithmen vergleichbar ist. Der Quellcode von MXSCARNA und sein Webserver sind unter http://mxscarna.ncrna.org verfügbar.